个人独资企业作为我国常见的商事主体形式，其投资者对企业的债务承担无限责任，同时在税务处理上也与有限责任公司等法人企业存在显著差异。当一家个人独资企业在一个纳税年度内实现100万元人民币的利润时，其纳税义务并非缴纳企业所得税，而是由投资者个人就其经营所得缴纳个人所得税。这一过程主要依据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，并参照关于个人独资企业和合伙企业个人所得税征收的相关规定执行。
需要明确计税基础。这100万元利润在税务上通常指经税务机关核定的“应纳税所得额”。在计算时，并非直接以账面利润为准，而是需要在企业收入总额的基础上，扣除成本、费用以及损失后的余额。根据税法，投资者个人的工资薪金支出不得在税前扣除，但可以按规定减除费用（目前每年为6万元）、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。计算应纳税所得额是一个调整过程，最终的计税金额可能低于或经过调整后接近100万元。
确定适用的税率和计算方法。个人独资企业的经营所得个人所得税，适用《个人所得税法》中的“经营所得”应税项目，采用五级超额累进税率。该税率表共分五档，税率从5%到35%不等。假设经过上述调整扣除后，应纳税所得额即为100万元，那么计算步骤如下：不超过3万元的部分，税率为5%；超过3万元至9万元的部分，税率为10%；超过9万元至30万元的部分，税率为20%；超过30万元至50万元的部分，税率为30%；超过50万元的部分，税率为35%。同时，每一档速算扣除数可用于简化计算。通过计算，应纳税额约为100万元×35% - 65500元（速算扣除数），结果大致在28.45万元左右。这是一个估算值，实际税额会因具体的税前扣除项目不同而有差异。
再者，关注征收管理方式。个人独资企业的个人所得税征收主要采用查账征收或核定征收方式。查账征收要求企业设置账簿，财务核算健全，能够准确计算应纳税所得额，上述计算即基于此方式。若税务机关对不符合查账征收条件的企业，可能会采用核定征收，即根据行业应税所得率等指标核定其应纳税额。对于利润达到100万元规模的企业，通常需要建立健全的财务制度，以适应查账征收的要求。
投资者还需履行纳税申报义务。根据规定，投资者应在月度或季度终了后规定期限内预缴税款，并在年度终了后三个月内办理汇算清缴，多退少补。所有税款需向企业实际经营管理所在地的主管税务机关申报缴纳。未依法申报缴纳将可能面临滞纳金乃至行政处罚的法律风险。
税务筹划的合法边界值得注意。投资者在法律框架内，通过合理列支成本费用、充分利用税收优惠政策（如特定行业的减免）、以及合规进行专项附加扣除，可以有效降低税负。任何虚构业务、虚开发票等行为均属于违法，将面临严重的法律后果。
个人独资企业100万元利润的纳税，核心是将利润转化为投资者个人的经营所得，并适用五级超额累进税率计算个人所得税。投资者务必厘清计税依据，准确适用税率，并依法履行申报缴纳义务，同时确保一切税务安排均在合法合规的轨道上进行。